Asistența oferită de serviciile speciale pakistaneze fundamentaliștilor radicali a fost și ea alarmantă la acea vreme pentru conducerea mai multor republici din Asia Centrală. În special, Uzbekistanul a cerut Pakistanului „să se ocupe” imediat de grupurile radicale care operează în țară, care au invitat cetățenii Uzbekistanului în Pakistan pentru pregătire religioasă și militară. Cea mai mare parte a studenților din taberele de antrenament proveneau din Valea Ferghana, care a fost de multă vreme cunoscută ca un bastion al fundamentaliștilor religioși din Uzbekistan. Până la începutul anului 1998, conform serviciilor de informații din Uzbekistan, cel puțin 400 de oameni din republicile Asiei Centrale, în principal din Uzbekistan și Tadjikistan, erau instruiți în Pakistan. Desigur, pregătirea lor nu putea fi efectuată fără știrea și acordul autorităților pakistaneze.
În Afganistan, serviciile de informații pakistaneze până la sfârșitul anilor 1990. a oferit sprijin direct talibanilor. Islamabad a urmărit să stabilească situația politică internă din Afganistan, pentru care trebuia să găsească și să evidențieze cea mai serioasă structură din punctul de vedere al autorităților pakistaneze în spectrul complex al câmpului politic afgan. O astfel de structură a fost talibanii, care la un moment dat a fost creat nu fără asistență pakistaneză (precum și saudită și americană). Pentru Pakistan, talibanii erau o forță politică mai acceptabilă decât Alianța de Nord disparată susținută de Rusia. Cu toate acestea, flirtul cu radicalii religioși din afara Pakistanului a avut inevitabil un impact asupra situației politice interne din țară. Fundamentaliștii au câștigat o influență foarte serioasă asupra proceselor politice, în primul rând asupra armatei, care a încetat de mult să fie coloana vertebrală a forțelor seculare. Aprofundarea cooperării cu fundamentaliștii afgani, kașmiri, tadjici și uzbeci a contribuit, de asemenea, la consolidarea în continuare a opiniilor radicale în rândul armatei pakistaneze. Dacă încă mai existau ofițeri în cele mai înalte grade ale armatei care erau susținători ai unui model de guvernare mai laic, atunci personalul inferior de comandă al armatei pakistaneze a aderat aproape complet la ideile fundamentaliste religioase.
Până la sfârșitul anilor 1990. din nou a existat o complicație gravă a relațiilor dintre Pakistan și India. Piesa de poticnire cheie între cei doi „grei” ai politicii din Asia de Sud, ca și înainte, a fost Kashmir. Pakistanul a revendicat și restul regiunii, care se afla sub control indian. În Islamabad, „partidul războiului” a fost reprezentat în principal de elita militară, care a rămas principalul susținător al destabilizarii situației din Kashmir indian și al sprijinirii separatiștilor din Kashmir. În mai 1999, unitățile forțelor speciale pakistaneze au invadat partea indiană a Kașmirului. Cu toate acestea, în ciuda faptului că Pakistanul s-a pregătit destul de temeinic pentru operațiune, care a fost inclusă istorie precum „Războiul Kargil”, forțele armate ale Indiei au refuzat forțele speciale pakistaneze. Pe 26 iulie 1999, conflictul Kargil s-a încheiat cu înfrângerea Pakistanului. Trupele indiene, deși au suferit pierderi impresionante, au reușit să recâștige controlul asupra tuturor teritoriilor capturate în primele zile ale războiului de către unitățile pakistaneze și mujahidinii din Kashmir. În Islamabad, înfrângerea în conflictul Kargil a provocat o reacție mixtă. Prim-ministrul pakistanez Nawaz Sharif s-a grăbit să învinuiască armata pakistaneză pentru înfrângerea operațiunii - spun ei, această conducere a armatei a acționat din proprie inițiativă și acțiunile sale au dus la un final atât de deplorabil. Cuvintele premierului au provocat o adevărată indignare în rândul elitei militare pakistaneze.
Până la momentul evenimentelor descrise, postul de șef al Statului Major al Forțelor Terestre pakistaneze era deținut de generalul Pervez Musharraf (născut în 1943), care provenea dintr-o familie de indieni Muhajirs (migranți). Pe el l-a acuzat Nawaz Sharif pentru evenimentele de la Kargil, iar când Musharraf se afla într-o călătorie de afaceri în Sri Lanka, premierul a anunțat demisia șefului de stat major al armatei și a interzis avionului său să aterizeze în Pakistan. Dar până atunci elita militară era deja pregătită să acționeze.Pe 11 octombrie 1999, avionul care îl transporta pe Pervez Musharraf a aterizat în siguranță pe aeroportul din Karachi. Generalul a fost întâmpinat de unități militare, iar pe 12 octombrie, în câteva ore, unitățile armatei au preluat controlul asupra tuturor celor mai importante obiecte ale țării. O lovitură de stat militară a avut loc în Pakistan, generalul Pervez Musharraf a devenit noul șef al țării. El a restrâns libertățile politice și l-a arestat pe premierul Nawaz Sharif, care urma să fie condamnat inițial la închisoare pe viață, dar apoi limitat la deportarea sa în Arabia Saudită. Pe 20 iunie 2001, P. Musharraf a devenit președinte al Pakistanului, înlocuindu-l pe Rafik Tarar în acest post.
Generalul Musharraf s-a autoproclamat un susținător al democrației, promițând în același timp fundamentaliștilor că democrația din Pakistan se va baza pe principiile islamului. Cu toate acestea, el s-a angajat într-o serie de inovații democratice, inclusiv rezervarea de locuri pentru femei, minorități religioase și naționale în legislativ. Când celebrele atacuri teroriste au avut loc în Statele Unite pe 11 septembrie 2001, Pervez Musharraf și-a exprimat condoleanțe poporului american și a subliniat angajamentul Pakistanului în lupta împotriva terorismului. Prin aceasta, generalul a făcut un pas foarte important către consolidarea în continuare a cooperării cu Statele Unite ale Americii.
Cu toate acestea, la rândul lor, reprezentanții organizațiilor radicale au fost foarte nemulțumiți de acțiunile lui Musharraf. Când conducerea pakistaneză a rupt oficial relațiile cu talibanii și s-a alăturat acțiunilor împotriva Al-Qaida (o organizație interzisă în Rusia), partea religios-conservatoare a populației pakistaneze a explodat literalmente cu acuzații împotriva generalului Musharraf. Comandantul a fost acuzat că a trădat interese naționale și religioase. Cu toate acestea, acesta nu a fost cazul - cel puțin, ar fi fost nu mai puțin o trădare a adevăratelor interese naționale în acea situație să sprijine în continuare cu sfidător grupuri radicale, ceea ce ar duce la transformarea Pakistanului într-un „stat necinstiți” al lumii. politică și ar costa țara o deteriorare gravă a situației economice, slăbirea puterii militare și a influenței politice în lume. În plus, trebuie menționat că, ca urmare a politicii autorităților, care timp de multe decenii au cheltuit principalele fonduri bugetare pentru armată și pentru susținerea organizațiilor radicale, Pakistanul s-a dovedit a fi țara cu cel mai scăzut nivel de educație din Asia de Sud. În ciuda puterii militare care a făcut din Pakistan o putere regională, potențialul cultural și economic al țării a rămas scăzut. Într-o lume în schimbare, între timp, este necesar să cheltuim bani nu numai pentru arme și ambiții politice, ci și pentru dezvoltarea capitalului uman.
Consecințele multor ani de neatenție a autorităților pakistaneze față de dezvoltarea potențialului intelectual al propriilor cetățeni urmau să fie „descurcate” de Pervez Musharraf. Generalul, se pare, a făcut o alegere către o tranziție treptată la un model de dezvoltare seculară a țării, distanțandu-se în cele din urmă de cooperarea cu fundamentaliștii. L-a costat pe generalul însuși mai multe tentative la viața lui. Pentru perioada 2003-2005. Generalul Pervez Musharraf a supraviețuit la trei tentative la viață, alte paisprezece încercări au fost rezolvate de serviciile de informații pakistaneze înainte de a fi comise. Totodată, au continuat atacurile constante asupra președintelui din partea opoziției, care l-a acuzat că este actualul șef de stat major al armatei. În cele din urmă, în noiembrie 2007, Pervez Musharraf a părăsit postul de șef de stat major al armatei pakistaneze. Acest act a devenit crucial pentru cariera lui prezidențială. La urma urmei, după ce și-a pierdut statutul de comandant al armatei, Pervez Musharraf și-a pierdut o parte semnificativă a influenței sale în rândul elitei militare a țării. Până la urmă, l-a costat președinția țării. În 2008, a părăsit voluntar postul de șef al statului, și pentru că armata, din care a plecat, a refuzat să-l susțină pe Musharraf.
După ce a părăsit postul de președinte Musharraf, politicianul și omul de afaceri Mohammedmian Somro a fost șef de stat mai puțin de o lună, iar apoi Asif Ali Zardari (născut în 1955), originar din provincia Sindh, dar de origine reprezentant al Tribul Baloch Zardari, a devenit președintele țării. În timpul președinției lui Zardari, confruntarea sa cu Nawaz Sharif, care a revenit în politică, a continuat. Cu toate acestea, au fost făcuți și pași semnificativi pentru reducerea influenței politice a armatei.
Acest lucru a fost facilitat de poziția generalului Ashfaq Pervez Kayani (născut în 1952), care a preluat postul de șef al Statului Major al Forțelor Terestre pakistaneze. Generalul Kayani, un soldat ereditar, a început să servească în Regimentul Balochistan al armatei pakistaneze, apoi a servit în diferite poziții de comandă, a condus Serviciul de Informații Inter-Servicii din Pakistan, principalul serviciu de informații al țării. În ianuarie 2008, generalul Kayani a emis un ordin prin care le interzice ofițerilor militari să aibă orice relație cu reprezentanții organizațiilor politice. Kayani a ordonat apoi ca toți ofițerii forțelor armate să demisioneze din funcțiile lor în birourile guvernamentale civile. Astfel, noul șef de stat major al armatei s-a impus ca un oponent de principiu al participării forțelor armate la viața politică a țării.
Aparent, această poziție a lui Kayani se potrivea destul de bine conducerii Pakistanului. În 2010, noul șef al statului, Yusuf Reza Gilani, a prelungit cu trei ani mandatul șefului de stat major al armatei, subliniind astfel că este pe deplin mulțumit de modelul de neparticipare a armatei la politica politică. viața statului, care era introdusă de Kayani. Totodată, în perioada analizată a avut loc un eveniment grav, care nu a putut decât să afecteze autoritatea de comandă a forțelor armate. Vorbim despre eliminarea sfidătoare a cunoscutului terorist Osama bin Laden în orașul Abottobad din Pakistan. Este clar că atacul armatei americane în centrul Pakistanului nu a putut adăuga autoritatea armatei, pe de altă parte, conducerea pakistaneză a explicat șederea lui bin Laden în țară nefiind conștientă de prezența sa în Pakistan - dar de ce atunci informații, contrainformații ale forțelor armate? Au existat noi temeri cu privire la posibila cooperare a armatei cu fundamentaliștii radicali.
Cu toate acestea, când mandatul generalului Kayani ca șef de stat major al armatei a expirat în 2013, el a fost înlocuit de generalul locotenent Rahil Sharif, despre care se știa și că se opune participării forțelor armate la viața politică a statului pakistanez. Noul șef de stat major al armatei s-a impus ca un oponent consecvent al activităților talibanilor din Pakistan. Sub conducerea sa, operațiunile trupelor pakistaneze împotriva talibanilor au continuat în regiunea Waziristan, locuită de triburi paștun.
În același timp, influența radicalilor religioși asupra perspectivei armatei pakistaneze este încă o problemă foarte serioasă. Mulți sergenți și ofițeri subalterni ai armatei pakistaneze, recrutați din straturile inferioare ale societății, au crescut în familii conservatoare, opiniile fundamentaliștilor asupra structurii sociale și politice li se par destul de firești și corecte. Schimbarea treptată a componenței naționale a corpului de ofițeri își joacă, de asemenea, rolul - în el sunt din ce în ce mai mulți paștun, zonele de reședință ale căror, după cum știți, sunt bastionul fundamentaliștilor religioși din Pakistan. De fapt, doar armata și islamul sunt pilonii cu drepturi depline ai Pakistanului modern. Dacă aceste două instituții cheie sunt îndepărtate, atunci statul pakistanez va fi sub amenințarea distrugerii efective - diferențele etnice dintre popoarele țării sunt foarte mari, grupuri etnice atât de importante precum paștunii și balochii au propria lor conștiință și dorință stabilă. pentru autonomizare politică, dacă nu separare completă. În același timp, având în vedere tradițiile de disciplină și ierarhie militară din armata pakistaneză, este încă greu de prezis o întărire reală a poziției fundamentaliștilor. La urma urmei, cel mai înalt stat major de comandă al armatei rămâne mai laic în mentalitate, iar mulți ofițeri subiecți cu minte conservatoare nu vor străluci pentru a ajunge la funcții de comandă sau, pe măsură ce vor crește în funcții și vor primi o educație militară academică, va exista o transformarea mentalității lor, asimilarea unor opinii mai moderate și mai laice asupra vieții politice și culturale din Pakistan.