Primul obiectiv al campaniilor militare ruse a fost Hanatul Kokand, ale cărui posesiuni se extindeau până în regiunea Trans-Ili și se învecina cu nomazii kazahi care făceau parte din Rusia. În anii 1820 - 1840. a început construcția de cetăți rusești pe pământurile kazahe. Deci, în 1824 a fost fondat Kokchetav, în 1830 - Akmolinsk, în 1846 - Novopetrovsk (Fortul Shevchenko), Ural (Irgiz) și Orenburg (Turgai), în 1847 - Raimskoe, iar în 1848 oraș - Fortificații Kapal. Prima expediție în regiunea Trans-Ili a fost întreprinsă în 1850 și de la începutul anilor 1860. Trupele ruse au început o înaintare sistematică adânc în Turkestan, împingând poporul Kokand înapoi. În 1865, s-a format regiunea Turkestan, care includea o parte semnificativă a teritoriului Uzbekistanului modern. Cam în același timp, când Imperiul Rus a intrat în conflict cu Hanatul Kokand, a început confruntarea cu Emiratul Bukhara.
În a doua jumătate a secolului al XIX-lea, Emiratul Bukhara și-a extins puterea pe teritoriul modernului Tadjikistan, sudul Uzbekistanului și o parte a Turkmenistanului. În emirat, care a apărut pe baza Hanatului Bukhara, a condus dinastia Mangyt - reprezentanți ai tribului uzbec cu același nume, care, la rândul său, a urcat la unul dintre triburile mongole care au participat la campaniile lui Genghis Khan. În 1756, dinastia Mangyt a înlocuit dinastia Ashtarkhanid, care domnea din 1601 în Hanatul Bukhara, descendenți ai lui Jochi, fiul cel mare al lui Genghis Khan, care a domnit anterior în Hanatul Astrakhan. Emiratul Bukhara era o monarhie absolută tipică orientală, cu putere nelimitată a emirului asupra supușilor săi. Principala populație a emiratului au fost uzbeci nomazi, seminomazi și sedentari, tadjici, turkmeni, precum și arabi, perși, evrei buharani, kalmuci, kirghizi, karakalpak și reprezentanți ai altor naționalități.
Toată puterea era în mâinile aristocrației privilegiate uzbece. Moravurile Emiratului Bukhara sunt descrise suficient de detaliat în lucrările celebrului scriitor sovietic tadjik Sadriddin Aini. De-a lungul istoriei sale, Emiratul Bukhara a purtat războaie constante cu vecinii săi - Hanatul Kokand, Hanatul Khiva, Afganistan și triburile turkmene. Cu toate acestea, începutul expansiunii ruse în Asia Centrală a fost perceput foarte negativ în Bukhara, deoarece vârful emiratului a simțit în el o amenințare serioasă la adresa propriei puteri și a ordinii stabilite.
În primăvara anului 1865, trupele ruse aflate sub comanda lui Mihail Cerniaev au lansat o operațiune de capturare a Tașkentului. Din partea rusă, 1300 de soldați și ofițeri cu 10 tunuri au participat la asediul și asaltul Tașkentului, de la apărătorii cetății - până la 30 de mii de oameni, conduși de mullah Alimkul Khasanbiy - conducătorul real al Hanatului Kokand, care a purtat titlul de atalik. Dar, în ciuda superiorității numerice multiple a Kokandianilor, aceștia nu au reușit să facă față detașamentului rus - diferența de antrenament de luptă și arme afectate. Mai mult, la 10 mai 1865, mullahul Alimkul a murit în urma unei răni de moarte. La 17 (29) iunie 1865, Tașkent a capitulat. Mihail Cernyaev și reprezentanții nobilimii din Tașkent au semnat un acord special în care rușii au garantat inviolabilitatea fundamentelor islamului și respectarea lor de către locuitorii orașului, iar bătrânii din Tașkent au promis că vor desființa complet sclavia și traficul de persoane în oraș și eliberează imediat pe toți sclavii. Capturarea Tașkentului a fost foarte nemulțumit de Emirul Buharei Said Muzaffar Khan, care a simțit o amenințare serioasă la adresa Emiratului Bukhara în înaintarea trupelor ruse în Turkestan. Detașamentele de susținători ai Emirului Buharei, care operau în vecinătatea Tașkentului, au organizat constant incursiuni împotriva trupelor ruse. În același timp, Muzaffar Khan a cerut Rusiei să elibereze teritoriile cucerite și a confiscat proprietatea negustorilor ruși care locuiesc în Bukhara. Misiunea rusă, care a sosit la Buhara pentru a rezolva situația, a fost insultată, după care Imperiul Rus nu a avut de ales decât să se opună Buharei.
La 8 mai (20 mai), 1866, un detașament rus de 2 de oameni sub comanda guvernatorului militar al regiunii Turkestan Dmitri Romanovski în bătălia de la Irjar a provocat o înfrângere zdrobitoare armatei Emiratului Bukhara, punând întregul armata emirului să fugă. Muzaffar însuși a fost forțat să fugă. Greșeala emirului a fost decizia de a continua războiul cu Rusia, luată sub presiunea cercurilor religioase și a nobilimii. Acest lucru a indicat că elita din Bukhara nu avea o percepție adecvată a posibilităților emiratului. Armata emirului pur și simplu nu a putut rezista armatei ruse. Deja în octombrie 1866, Ura-Tyube a fost luată de trupele ruse, iar apoi Jizzakh. Guvernatorul general al Turkestanului, Konstantin von Kaufman, a sugerat ca Muzaffar Khan să încheie un tratat de pace, dar conducătorul Buharei a continuat să conteze serios pe victoria asupra trupelor ruse. A început să adune miliția, sperând că ghazawat-ul pe care îl anunțase va aduna mulți musulmani din Asia Centrală sub steagul emiratului.
În timp ce emirul strângea trupe, armata rusă a primit ordinul de a înainta spre Samarkand, unul dintre cele mai importante orașe din Emiratul Bukhara și din Asia Centrală în ansamblu. Forțe destul de impresionante au fost concentrate în regiunea Jizzakh pentru a ataca Samarkand - 25 de companii de infanterie, 7 sute de cazaci cu un număr total de 3500 de oameni cu 16 piese de artilerie. La 1 (13) mai 1868, detașamentul a înaintat spre Samarkand. Emirul a concentrat o armată de 40 de oameni pentru a apăra orașul, înarmată cu 150 de piese de artilerie, deși veche și mult inferioară artileriei ruse. Trupele ruse trec peste râul Zyaravshan, după care s-au grăbit să-i atace pe buharani. În ciuda superiorității multiple, buharienii au fugit, iar locuitorii din Samarkand nu au lăsat armata emirului în retragere să intre în oraș.
La 2 mai 1868, trupele ruse au intrat în Samarkand. Cu toate acestea, pe 30 mai, cea mai mare parte a trupelor ruse s-a mutat din Samarkand pentru acțiuni ulterioare împotriva emirului, iar o garnizoană mică a rămas în oraș. Buharanii au decis să profite de această împrejurare, iar pe 2 iunie au pătruns în Samarkand. Garnizoana rusă și evreii și creștinii care locuiau în oraș s-au închis în cetate, pe care au reușit să o țină până pe 8 iunie, când, aflând despre revenirea principalelor trupe rusești, buharienii s-au retras din oraș. În luptele pentru cetate, până la o treime din personalul garnizoanei ruse a murit.
După Samarkand, trupele rusești au luat Katta-Kurgan, iar pe 2 iunie au provocat o înfrângere zdrobitoare pe înălțimile Zerabulak ale lui Emir Muzaffar. Războiul cu Imperiul Rus, așa cum era de așteptat, a fost complet pierdut de Emiratul Buharei, și asta în ciuda faptului că armata Buharei a depășit de zeci de ori trupele ruse, a luptat pe teritoriul său și a putut conta pe sprijinul localului. populatia. După înfrângerea de pe înălțimile Zerabulak, Emir Muzaffar s-a îndreptat către Rusia cu o cerere de pace. Conform tratatului de pace, Emiratul Bukhara a cedat Rusiei terenuri foarte importante - Samarkand, Penjikent, Urgut și Katta-Kurgan bekstvo. Bukhara s-a angajat, de asemenea, să plătească Rusiei o indemnizație de 500 de ruble, să permită deplina libertate a comerțului în emirat pentru comercianții ruși și să asigure securitatea personală și a proprietății cetățenilor ruși pe teritoriul emiratului. Emirul a garantat trecerea liberă a negustorilor ruși prin teritoriul Emiratului Bukhara și s-a angajat să nu ridice taxa la mărfurile importate de negustorii ruși peste 2,5% din valoarea acestora.
Astfel, de fapt, din iunie 1868, Emiratul Bukhara s-a transformat într-un protectorat al Imperiului Rus, iar emirul a fost nevoit să urmeze în urma politicii ruse și să se supună Sankt Petersburgului. Cu toate acestea, Bukhara și-a dat seama curând de toate avantajele pe care acest statut le dădea emiratului. Astfel, emirul a început să se bazeze pe ajutorul trupelor ruse în orice situații de conflict, inclusiv dese revolte. De exemplu, în același 1868, cu ajutorul trupelor ruse, emirul a înăbușit revolta din Karshi bekstvo și a recăpătat controlul asupra orașului Karshi. Doi ani mai târziu, revoltele din Kitab și Shaar au fost înăbușite în același mod și controlul asupra Shahrisyabz bey a fost returnat. În 1876, cu ajutorul Rusiei, Kulyab și Gissar bek au fost înapoiați sub controlul emirului Bukhara, iar în 1877, Darvaz și Karategin au fost cuceriți.
Subjugarea Imperiului Rus a avut un impact pozitiv asupra dezvoltării economice și culturale a Emiratului Bukhara. Cu toate acestea, nobilimea Buhara și vârful clerului se temeau foarte tare de răspândirea limbii ruse și a culturii laice în emirat, crezând pe bună dreptate că aceasta ar presupune o pierdere de influență asupra populației emiratului. Dar, în situația politică schimbată, nu a mai fost posibilă oprirea expansiunii culturale rusești, mai ales că aceasta a urmat modernizării economice a emiratului. Industria, băncile au apărut la Bukhara, a început să se formeze burghezia din Buhara, ai cărei reprezentanți nu se mai concentrau să urmărească orbește tradițiile vechi de secole, ci gândeau mai global, înțelegând nevoia atât de cunoaștere modernă, cât și de cunoaștere a limbii ruse. Apariția căilor ferate și a liniilor telegrafice a dus la crearea unor așezări rusești pe teritoriul Emiratului Bukhara, în care locuiau muncitori și angajați. În 1894, la Bukhara a apărut prima școală de origine rusă, iar de la începutul secolului al XX-lea au început să apară noi școli de metodă, care combinau studiul fundamentelor religiei islamice și Sharia cu predarea limbii ruse. Tătarii din Kazan și Siberia, care au jucat un rol important în comerțul ruso-buharean, au fost conducătorii noilor tendințe în Buhara.
Desigur, modernizarea treptată a societății Bukhara a speriat foarte mult partea conservatoare a populației emiratului, care a văzut noile tendințe ca o amenințare la adresa religiei și tradițiilor. Sentimentele anti-ruse din emirat au continuat să fie susținute de emisari turci, precum și de agenți ai Afganistanului vecin. Cu puțin timp înainte de începerea Primului Război Mondial, agenți ruși din Emiratul Bukhara au raportat la Sankt Petersburg că prezența afgană este resimțită aici și mai puternic decât cea turcească, afganii furnizează în secret buharienii. armestudiază situația din emirat. În 1910, când forțele ultraconservatoare din Bukhara pregăteau o revoltă împotriva emirului, departamentul de securitate rus a constatat că grupuri de soldați deghizați ai armatei regulate afgane se infiltrau pe teritoriul emiratului prin granița afgană-Buhara.
Este de remarcat faptul că Afganistanul a oferit sprijin complet forțelor ultra-conservatoare ale Emiratului Bukhara, în timp ce „reformatorii” (Jadidii) erau înclinați să se orienteze spre Imperiul Otoman, unde „tinerii turci” au câștigat la începutul anului. Secolului XNUMX. Deoarece Imperiul Rus nu a acordat atenția cuvenită modernizării sistemului de învățământ din Emiratul Bukhara, încercând să mențină ordinea existentă a lucrurilor, buharienii „avansați” s-au concentrat asupra Imperiului Otoman și au preferat să meargă ei înșiși și să-și trimită copiii. să studiez la Istanbul. Emisarii care operau în Bukhara au promovat și educația turcească.
Astfel, în ciuda statutului de protectorat al Imperiului Rus și a includerii influenței sale politice, culturale și economice pe orbită, lupta dintre diverse forțe politice orientate spre Afganistan, Imperiul Otoman sau Rusia a continuat în Emiratul Bukhara. În general, situația din emirat era foarte tulbure, exista întotdeauna riscul declanșării unei alte tulburări populare, revolte, iar primele victime în cazul unei destabilizari a situației ar fi automat rușii și supușii Imperiului Rus. , pe care buharienii cu minte conservatoare l-au acuzat de toate păcatele și l-au considerat cauza stării deplorabile din emirat. Prin urmare, nu a fost surprinzător că, de îndată ce Rusia s-a găsit într-o situație dificilă, după ce a intrat în Primul Război Mondial, un val de revolte anti-ruse a capturat Asia Centrală.
Revoluțiile care au urmat în 1917 în Rusia au avut inevitabil impact asupra situației politice din Emiratul Bukhara. Ei le-au adus jadiților speranță pentru noi schimbări de modernizare, în timp ce tradiționaliștii sperau să se elibereze de influența Rusiei și să se întoarcă la vechea ordine. Cu toate acestea, victoria Revoluției din octombrie în Rusia și afirmarea ulterioară a puterii sovietice au condus Asia Centrală la cele mai ambițioase schimbări din istoria sa modernă, au pus bazele dezvoltării politice a regiunii pentru un secol înainte și, în cele din urmă, au condus la formarea principalelor naţiuni din Asia Centrală în forma lor modernă.